Չնայած Թուրքիան և Ադրբեջանը սերտորեն համագործակցում են բազմաթիվ ոլորտներում, սակայն նրանց երկարաժամկետ ռազմավարական շահերը միշտ չէ, որ համընկնում են: Նախիջևանի Ինքնավար Հանրապետությունը (ՆԻՀ), որը ցամաքային անմիջական կապ չունի Ադրբեջանի Հանրապետության հետ, տնտեսապես և հաղորդակցման առումներով ավելի սերտ կապված է Թուրքիային։ Վերջինիս ներկայությունն էլ ՆԻՀ-ում գնալով աճում է ոչ միայն տնտեսական, այլև՝ մշակութային ոլորտում: Իրանը ևս փորձում է մեծացնել իր ազդեցությունը Նախիջևանում: Այս ամենն անհանգստացնում է ադրբեջանական իշխանություններին, որոնք ձգտում են պահպանել իրենց վերահսկողությունը, կամ որ ավելի հեռահար ծրագիր է՝ ընդհանրապես վերացնել Ինքնավար Հանրապետության կարգավիճակը: Ըստ բազմաթիվ փորձագետների՝ ՆԻՀ-ի երկարամյա միանձնյա ղեկավար Վասիֆ Թալիբովի հեռացումը պաշտոնից այդ ուղղությամբ արված քայլ է։ Սրա վերաբերյալ հայտարարություն է արել Ադրբեջանի խորհրդարանի պատգամավոր Ֆազիլ Մուստաֆան՝ նշելով, թե չպետք է երկրի հատվածներում գործեն տարբեր կանոններ, առավել ևս, որ ներկայում Նախիջևանում «Ո՛չ խան կա, ո՛չ՝ սուլթան»։
Մեծ է ՆԻՀ-ի տնտեսական կախվածությունը Թուրքիայից։ Վերջինս ապահովում է ՆԻՀ-ի էներգետիկ պահանջների մեծ մասը և հանդիսանում է առևտրային հիմնական գործընկերը: Այդ ամենին նպաստել են նաև Իգդիր-Սադարակ ցամաքային ճանապարհը, Նախիջևան-Ստամբուլ ավիաչվերթը և այլն: Թուրքիա-ՆԻՀ սահմանին, դեռևս 1993 թվականից սկսած, գործում է Դիլուջու անցակետը, որով հատկապես վերջին տարիներին բավականին մեծ ծավալներով առևտրաշրջանառություն է տեղի ունեցել, զարկ է տրվել սահմանային առևտրին։ 2022 թվականի դրությամբ Թուրքիայից ներմուծվել է 87,947,048 ԱՄՆ դոլարի, իսկ ՆԻՀ-ից Թուրքիա արտահանվել՝ 18,308,367 ԱՄՆ դոլարի ապրանք:
2023 թվականից սկսվել է նաև Թուրքիայից ՆԻՀ՝ Իգդիր-Նախիջևան գազատարի կառուցումը, որն էլ ավելի կուժեղացնի Թուրքիայի դիրքերը Նախիջևանում։ Ներկայումս Նախիջևանը գազ է ստանում Իրանի տարածքով անցնող գազատարով: Թեև այս ամենը նպաստում է Նախիջևանի զարգացմանը, սակայն միաժամանակ մեծացնում է նրա կախվածությունը Թուրքիայից, ինչից էլ զգուշանում է Ադրբեջանը:
Երկրամասում Թուրքիայի ազդեցությունը մեծանում է նաև նրանով, որ, ելնելով սոցիալական վատ պայմաններից, նախիջևանցիների զգալի մասն աշխատանքի է մեկնում Թուրքիա: Այս արտագաղթի տեմպերն այնքան բարձր են, որ Ստամբուլի թաղամասերից մեկի բնակիչների մեծ մասը նախիջևանցիներ են։ Այդ մասին է ասվում Պատերազմի և խաղաղության ինստիտուտի զեկույցում, որի հեղինակն Ադալեթ Բարգարար կեղծանունով հանդես եկող ադրբեջանցի լրագրողն է։
Ինչպես ամբողջ Ադրբեջանի տարածքում, այնպես էլ ՆԻՀ-ում Թուրքիան ակտիվորեն վարում է նաև «փափուկ ուժի» քաղաքականություն: Թուրքական լրատվամիջոցները, հեռուստահաղորդումները, հեռուստասերիալները շատ տարածված են այնտեղ՝ ստվերելով ադրբեջանական նմանատիպ արտադրանքը։ ՆԻՀ-ի բնակիչները էլ ավելի կապված են թուրքական մշակույթին, քան՝ ադրբեջանականին: Թուրքական «փափուկ ուժի» նման ազդեցությունն անհանգստացնում է Ադրբեջանին, քանի որ այն վտանգում է Նախիջևանում «ադրբեջանական ազգային ինքնության» կերտման ծրագիրը:
Կարևոր է նաև Թուրքիայի ռազմական ներկայությունը ՆԻՀ-ում․ հատկապես համատեղ անցկացվող զորավարժությունները: Դրանք ընդգծում են պաշտպանության ոլորտում ՆԻՀ-ի կախվածությունը Թուրքիայից, ինչի վկայությունն է նաև 2023 թվականին Նախիջևանում ռազմական համալիրի համատեղ բացումը: Այս և նման այլ քայլերն արդեն իսկ մատնանշում են, որ Նախիջևանի հարցում ինքնուրույն որոշումներ կայացնելու Ադրբեջանի հնարավորությունները որոշ առումով սահմանափակված են, ինչը կարող է հանգեցնել վերջինիս դիրքերի թուլացմանն Ինքնավար Հանրապետությունում:
Այսպիսով՝ թուրք-ադրբեջանական «եղբայրական հարաբերություններում» առկա են հակասություններ, սակայն՝ ոչ բացահայտ։ Նման տեմպերով գործընթացների շարունակման դեպքում հավանական է, որ Թուրքիան կկարողանա ամբողջությամբ «կլանել» երկրամասն ու ադրբեջանական վերահսկողությունն այնտեղ ձևական դարձնել: ՆԻՀ-ը նաև հզոր լծակ է Թուրքիայի ձեռքում՝ թույլ չտալու Ադրբեջանին իր ազդեցության գոտուց դուրս գալու։